Cet hydronyme (Weser en Allemand) est composé de deux racines préceltiques accolées : "viz" (ou iz) signifiant vallée creuse tandis que "ara" signifie cours d’eau.
Il s’agit donc à l’origine du "cours d’eau coulant dans la vallée creuse".
On retrouve le même hydronyme en Allemagne : le fleuve qui arrose Brême s’appelle également Die Weser". Egalement sous d’autres formes : le fleuve qui arrose Munich : l’Isar. L’Isère, en France. La Vézère ou l’Auvézère en Nouvelle Aquitaine, l’Oise (Isara en latin) ou encore l’Yser qui se jette dans la Mer du Nord à Nieuport.